Sulla sommità del colle di San Giovanni, che per la forma a cono era anticamente detto Conisio, si trova una chiesa dedicata a San Giovanni Battista, un tempo chiamata San Giovanni in Conisio.
La chiesa di San Giovanni si presenta con una pianta rettangolare e un’unica navata orientata ad est. Si ipotizza che in origine l’edificio fosse di minori dimensioni, con un’unica aula priva di cappelle e terminante con un’abside semicircolare, emerso nell’ultimo restauro e lasciato a vista sul pavimento, protetto da un vetro. La semplice facciata, rivolta verso un piccolo sagrato, presenta una forma a capanna, ed è caratterizzata da un cinquecentesco portale con architrave e stipiti in arenaria di Sarnico, raggiungibile mediante quattro gradini del medesimo materiale. Il portale d’ingresso è affiancato da una finestra quadrata con inferriata e sormontato da una piccola lunetta e da un rosone dai profili sagomati. Esternamente l’edificio è delimitato ad ovest e sud dall’ex monastero articolato a L, chiuso ad occidente mediante un muro di cinta arretrato rispetto alla facciata della chiesa. Spicca in altezza il campanile di forma quadrata, che nella porzione inferiore risulta essere dotato di maggiore spessore volumetrico, il che è indice di maggior antichità e ha fatto ipotizzare un precedente uso della struttura come torre.

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